Identifikasi pakan secara tidak langsung
Analisis kotoran digunakan untuk menduga pakan satwa berdasarkan identifikasi mikroskopis pecahan epidermis dalam kotoran. Jenis tanaman diketahui dengan perbandingan identifikasi pecahan epidermis dalam kotoran dengan epidermis tanaman pembanding. Komposisi pakan satwa diketahui dengan analisis kuantitatif dari jumlah dan ukuran fragmen epidermis. Analisis kuantitatif dilakukan dengan modifikasi teknik penghitungan analisis vegetasi dan hasilnya adalah indeks nilai penting tiap jenis pakan (Bhadresa, 1986 yang disitasi oleh De Boer et al., 2000).
Kotoran (faecal/dung) adalah hasil akhir dari proses pencernaan yang dibuang dengan proses defekasi. Beberapa satwa seperti misalnya badak jawa, kotoran digunakan sebagai tanda wilayah jelajah aktivitasnya. Rusa Timor memanfaatkan kotoran sebagai tanda wilayah untuk kelompoknya (Shigeki, 1992). Beberapa studi kehidupan satwa liar sering memanfaatkan kotoran sebagai petunjuk keberadaaan satwa yang diteliti. Kotoran yang dikeluarkan oleh satwa memiliki bentuk yang bermacam-macam. Tiap kelompok satwa memiliki ciri dan bentuk tersendiri dari kotorannya. Bentuk dan ukuran dapat menentukan kelompok satwa atau jenis satwa (Shigeki, 1992): (1) Karnivora : ujung kerucut, pangkal bulat; (2) Herbivora famili cervidae : bulat menyerupai butiran; dan (3) Herbivora famili bovidae : bulat menyerupai kue.
Storr (1960) mengatakan bahwa analisis kotoran cocok digunakan untuk mengetahui pakan satwa herbivora. Ia melakukan studi mengenai analisis kotoran dengan menggunakan satwa herbivora khas Australia yaitu quokka (Setonix branchyrus) di Pulau Rottnes. Analisis kotoran untuk satwa herbivora biasanya menggunakan teknik mikroskopik sedangkan untuk satwa karnivora biasanya menggunakan pengamatan makroskopik.